分子之心 MMDesign 技术报告：19 个项目成功率 94.7%，六个 GPCR 靶点全部命中

机器之心发布 让 AI 生成成千上万条蛋白质序列，已经不是 AI 生物药研发最值得炫耀的能力。更重要的问题是：真正送进实验室的分子能否足够少，成功的机会又能否足够高？ 分子之心近日发布 AI 从头设计平台 MMDesign 最新技术报告，给出了一组颇具冲击力的答案：覆盖 18 个靶点、纳米抗体（VHH）和大环肽两类分子模态的 19 个设计项目中，18 个获得经实验确认的结合分子，项目成功率达 94.7%；每个项目仅测试 9—50 个候选分子，中位数为 21 个。更值得注意的是，六个受测 GPCR 靶点全部获得命中，针对此前已成功获得命中分子的六个靶点开展新一轮设计，其中五个项目取得了优于前一轮的结果。 这组结果传递的信号，不是 AI 又一次 “设计出了分子”，而是从头设计正在从个别靶点的亮眼示范，向少量实验验证、跨靶点、跨模态的可重复研发工作流迈进。 每个项目只测几十个：AI 设计开始压缩实验筛选的规模 长期以来，抗体发现高度依赖动物免疫和大规模文库筛选，在数量庞大的候选中寻找具有结合能力的分子。 AI 从头设计尝试改变起点：研究人员指定目标蛋白和潜在结合位点，由 AI 直接生成新的分子序列。但从中精准选出有结合潜力、可进入实验验证的候选分子才是关键突破口。 MMDesign 采用 “生成 — 计算优选 — 实验验证” 的流程：先在计算空间探索大量序列，再结合结构可靠性、序列特征及物理评估等标准，将候选数量压缩到每个项目仅 9—50 个 —— 如同让 AI 先在计算机里完成分子 “海选”，再把优选选手送进实验室 “复试”。 报告汇总的 19 个设计项目中，18 个获得命中候选，成功率 94.7%；453 个受测候选中，有 139 个获得确认结合，合并候选命中率约 30.7%；15 个项目至少得到两个结合分子，为后续筛选优化保留了选择余地。 验证结果汇总 这里有两个不同但都重要的指标：94.7% 衡量的是 “一个项目能否找到至少一个结合分子”，30.7% 衡量的是 “受测候选中有多少真正命中”。两者共同表明，MMDesign 不只是扩大计算端的生成规模，更尝试把实验室需要验证的范围压缩到几十个分子，并能获得成功结合的分子进入后续研发流程。 对制药研发而言，潜在价值十分直接：如果计算端能够更早排除大量低价值候选，实验资源便可以更多集中于有希望的设计。 六个 GPCR 全部命中：把难靶点能力摆到台前 如果说 94.7% 的项目成功率展示了效率，GPCR 系列结果则更能体现从头设计的技术实力。GPCR 是重要的药物靶点家族，其膜环境、构象变化和有限的胞外可结合区域，使针对这类靶点设计结合分子颇具难度。 此次评估涵盖 CCR7、CCR8、EP2、GPR68、NK3R 和 A2AR 六个 GPCR 靶点，六个项目全部获得实验确认的结合分子。 其中，两组结果尤其醒目：针对 NK3R 测试的 30 个候选全部命中，命中率 100%；针对 GPR68 测试的 11 个候选有 10 个命中。两者合计 41 个候选、40 个命中。GPR68 项目的最佳表观结合亲和力 KD 达到 12.1 nM。 这不是简单地把 “命中” 数字刷高。对复杂膜蛋白靶点而言，在极少实验候选中找到结合分子，本身就提高了从头设计路线的可信度。 报告还指出，在 Thera-SAbDab 指定版本数据库中未检索到已编目治疗性抗体先例的五个 GPCR 靶点上，89 个受测候选获得 53 个结合分子，候选命中率为 59.6%。 从 100% 的候选命中率，到在缺乏已知治疗性抗体先例的复杂靶点上成功发现结合分子，MMDesign 的突破不仅体现为单个分子的优异表现，更体现为其在高难度膜蛋白靶点上的广泛适用性，为 GPCR 等复杂靶点的抗体发现提供了新的技术路径，也进一步验证了 AI 从头设计在传统研发难点中的应用潜力。 从一次命中到广泛成功：可复用才是产业级平台的关键 对药企来说，一项 AI 技术能在某个靶点上取得突破固然重要，但长期合作更看重两件事：一是面对同一研发问题，能不能通过多轮迭代持续优化设计；二是面对不同的研发任务，平台能否重复应用。 在本次评估中，MMDesign 对六个此前已有设计成果的靶点进行新一轮设计，其中五个项目实现了命中率、最佳亲和力或两者的进一步提升。 例如 PDGFR 项目，候选命中率由 4.0% 提高至 21.1%，是之前的5.2倍；最佳KD37 nM，较上一轮150nM实现了4 倍提升。这意味着平台并非只能依赖 “一轮定输赢”，也能够在同一研发问题上继续探索更优分子。 平台能力的适用范围还延伸到不同分子模态。除纳米抗体外，报告中的两项大环肽从头设计均获得结合分子：MDM2 项目 21 个候选中 16 个命中，PD-L1 项目 28 个候选中 11 个命

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